Одной из особенностей организации научно-технологических работ ИПЯТ является выполнение комплексных исследований, в которых зачастую участвуют несколько кафедр и филиалов НИЯУ МИФИ.
Другой особенностью каждого проекта является практическая значимость полученных результатов, так как работы выполняются по заказам ГК «Росатом» его подразделений для решения проблем, стоящих перед ними.